经济适用房属于社会保障性住房，它是以中低收入家庭、住房困难户为供应对象建设的普通住宅。但是，一些经济适用房却沦为某些人投资套利的工具。之所以导致这一局面，除了供应对象把关不严、经济适用房面积普遍过大等因素外，主要在于我国对经济适用房的出售、出租行为，没有制定出足够严厉的限制性措施，导致经济适用房投资、投机现象泛滥。在某些地方，经济适用房的出租率甚至高于一般性住房，这从一个侧面反映出经济适用房投资现象的严重性。
要抑制经济适用房的投资行为，就应该针对上述几点，采取针对性的措施。对于经济适用房的购买对象，必须严格审核把关，而这种把关不能全部由政府有关部门独立完成，必须公开透明，接受公众的监督，以防止权力寻租。同时，应该减小经济适用房的面积，明确把经济适用房的建设标准统一调整为60平方米左右，这就大大降低了经济适用房的投资价值。因为相对于大户型住房，60平方米的住房供应对象一般仅限于中低收入者。
当然，难度最大却最为关键的一个问题还是通过硬性规定，严格抑制经济适用房投资。首先要限制经济适用房的交易。购买经济适用住房不满5年（这个年限还可以扩大到10年），不得直接上市交易，购房人因各种原因确需转让经济适用住房的，由政府按照原价格并考虑折旧和物价水平等因素进行回购。
更重要的是，政府要收回大部分售房所得溢价。房屋的产权分四部分：使用权、占有权、处置权和收益权，与商品房相比，经济适用房在收益权上与之不同。商品房上市出售后，收益全部归个人所有，而经济适用房的收益大部分应由政府获得，用到公共服务方面。原因是， 经济适用房是享受诸多优惠政策的社会保障性住房。比如，它免征城市基础设施配套费和商业网点建设费以及契税，减半征收水电增容费等各种税费；建设用地采取行政划拨方式供应，优先给予办理有关手续等等，政府理应分享经济适用房转让增值部分的收益。
但是，我国至今没有对经济适用房收益部分的多少交给政府予以明确，只有一些地方政府进行了尝试。比如，杭州市规定，经济适用房上市交易时，按照届时的销售价与当时经济适用住房购买价差价的55%向政府交纳土地收益等价款。实际上，这一比例还可以继续提高，因为当售房溢价的绝大部分（比如80%）乃至全部收归政府的时候，经济适用房的投资行为自然就会销声匿迹。
